La Biblioteca, attualmente in fase di catalogazione, è costituita dall'intero patrimonio librario raccolto dal professor Carlo Pedretti (1928-2018) nell'arco della sua attività, oltre a copia di tutti i testi pubblicati dallo stesso Pedretti: oltre mille scritti tra articoli, saggi, libri, recensioni e pamphlet. Particolarità di gran parte della biblioteca sono le note apposte dallo stesso Pedretti nei volumi di sua proprietà: note di lettura, postille, segnalibri, note di contesto e non solo. A tale scopo la Nuova Fondazione ha scelto di catalogare i libri della Biblioteca evidenziando le peculiarità dei singoli volumi.
La biblioteca conta su un patrimonio di circa 15.000 volumi, antichi e moderni. Il patrimonio librario comprende l'intera Edizione Nazionale dei Manoscritti e Disegni di Leonardo da Vinci e numerosi titoli dedicati ai vari ambiti disciplinari che sono strettamente connessi alla poliedrica attività di Leonardo da Vinci.